Traditionell gibt es im Reiki drei Grade, die nachfolgend beschrieben werden. Mittlerweile haben sich allerdings auch Schulen entwickelt, die diese weiter aufgeteilt oder mit anderen Systemen vermischt haben. Bei Abänderungen des Systems kann man möglicherweise nicht mehr von Reiki sprechen. Usui selbst hat sein Reiki-System als in sich geschlossen und vollständig bezeichnet.

Reiki basiert auf Energieübertragungen ähnlich dem Kriya-Yoga, sogenannten Einstimmungen oder Initiationen. Durch die Einstimmungen soll der in jedem Menschen natürlich vorhandene Reiki-Kanal von Blockaden gereinigt und somit die Möglichkeit geschaffen werden, Reiki durch die Hände weiterzugeben. Mit Ausnahme der Meisterausbildung werden die verschiedenen Reikigrade gewöhnlich in Wochenendseminaren unterrichtet.


Der wesentliche Teil des ersten Grades sind traditionell vier Einweihungen, mit denen dem Studenten Reiki sofort und für das ganze Leben zur Verfügung stehen soll. Dieser soll dann sich selbst sowie andere Menschen, Tiere und Pflanzen über seine Hände direkt mit Reiki behandeln können. Für die tägliche Selbstbehandlung (empfohlen) wird eine bestimmte Abfolge von Handpositionen gelehrt. Des Weiteren werden bei der ersten Initiationsstufe die Geschichte des Reiki erzählt und die sogenannten fünf Lebensregeln weitergegeben.


Beim zweiten Grad bekommt der Student eine weitere Einweihung und lernt die 3 Reikisymbole (Kraftsymbol, Harmoniesymbol, Verbindungssymbol). Damit soll es ermöglicht werden, jedes beliebige Energiefeld über Zeit und Raum hinweg mit Reiki zu behandeln, z. B. Konzepte, die Wirkung vergangener Ereignisse oder ein Mensch an einem entfernten Ort. Ein Student wird damit kein besserer Praktizierender sondern verfügt lediglich über mehr Anwendungsmöglichkeiten. Die tägliche Selbstbehandlung wird auf allen Stufen als Grundstein zur persönlichen Weiterentwicklung angesehen. Eine wichtige Voraussetzung für den 2. Grad ist deshalb auch eine längere Praxis mit dem 1. Grad.

Der Dritte Grad wird heute oft in zwei Teile unterteilt (die Meistereinweihung für das persönliche Wachstum und die Ausbildung zum Lehrer), ursprünglich handelte es sich nur um einen Grad. Der Meister-/Lehrergrad befähigt dazu, andere Menschen in Reiki zu initiieren und Reiki zu unterrichten. Die Ausbildung zum Lehrer nimmt gewöhnlich ein bis zwei Jahre in Anspruch, um angemessene didaktische Fähigkeiten zu entwickeln und in die Aufgabe der Reiki-Meisterschaft hineinzuwachsen.

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